Chùa đã có từ năm 1798. Sư Hải Tịnh tu tại chùa Giác Lâm, vì thấy chùa Giác Viên hỏng nhiều cần tu bổ lại nên qua trụ trì chùa Giác Viên (cách chùa Giác Lâm khoảng 2 cây số). Sư Hải Tịnh đã quyên góp để tu tạo chùa Giác Viên. Sửa xong chùa, sư Hải Tịnh giao cho đồ đệ là Hòa thượng Hoằng Ngãi trụ trì chùa Giác Viên. Trước đây chùa có tên khác là chùa Hố Đất, đến năm 1850, chùa được gọi là Giác Viên. Đáng chú ý nhất ở ngôi chùa này là những tấm bảng khắc bằng gỗ được chạm trổ rất tinh vi, đặc trưng cho kiến trúc cổ phương Nam. 

Sau những lần trùng tu vào các năm 1958, 1961, 1962, ở đây đã xuất hiện những nét kiến trúc phương Tây. Xung quanh chùa có một tu viện dành cho những nhà hành đạo, một nhà in của tờ báo Lục Hòa Tăng và trung tâm huấn luyện bồi dưỡng của các vị cao tăng. Đến nay ngôi chùa còn giữ được 153 pho tượng, 60 bao lam lớn nhỏ chạm 18 vị La Hán, muông thú, trái cây và một số tác phẩm điêu khắc nghệ thuật khác. Trong chùa còn có một bảng gỗ hình vuông của vị cao tăng đầu tiên là Hòa thượng Hải Tịnh và một cây mai do ông Mạc Cửu trồng vẫn còn đến ngày nay.